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UK Virus Hunting Labs cherche à renforcer le réseau mondial de variantes | Infos santé

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Par DANICA KIRKA, Associated Press

LONDRES (AP) – Les climatiseurs bourdonnent constamment dans le laboratoire du Wellcome Sanger Institute, contrecarrant la chaleur dégagée par des rangées de machines de séquençage de haute technologie qui fonctionnent sept jours par semaine en analysant le matériel génétique des cas de COVID-19 de tout le Royaume-Uni

Le laboratoire est un exemple de la façon dont les scientifiques britanniques ont industrialisé le processus de séquençage génomique pendant la pandémie, réduisant le temps et les coûts nécessaires pour générer une empreinte génétique unique pour chaque cas de coronavirus analysé. Cela a fait du Royaume-Uni un leader mondial du séquençage du COVID-19, aidant les autorités de santé publique à suivre la propagation de nouvelles variantes, à développer des vaccins et à décider quand imposer des blocages.

Mais maintenant, les chercheurs du Sanger Institute de Cambridge et des laboratoires du Royaume-Uni ont une nouvelle mission : partager ce qu’ils ont appris avec d’autres scientifiques parce que COVID-19 n’a aucun respect pour les frontières nationales.

La variante omicron qui alimente désormais une nouvelle vague d’infection dans le monde montre la nécessité d’une coopération mondiale, a déclaré Ewan Harrison, chercheur principal chez Sanger. Omicron a été identifié pour la première fois par des scientifiques d’Afrique australe qui ont rapidement publié leurs résultats, donnant aux autorités de santé publique du monde entier le temps de se préparer.

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Étant donné que des mutations dangereuses du virus peuvent survenir n’importe où, les scientifiques doivent surveiller son développement partout pour protéger tout le monde, a déclaré Harrison, faisant un parallèle avec la nécessité d’accélérer les vaccinations dans les pays en développement.

“Nous devons être préparés à l’échelle mondiale”, a-t-il déclaré. « Nous ne pouvons pas simplement mettre une clôture autour d’un pays ou de régions du monde, car cela ne va tout simplement pas le couper. »

La Grande-Bretagne a fait du séquençage une priorité au début de la pandémie après que la professeure de l’Université de Cambridge, Sharon Peacock, a identifié le rôle clé qu’elle pourrait jouer dans la lutte contre le virus et a obtenu un financement gouvernemental pour un réseau national de scientifiques, de laboratoires et de centres de test connu sous le nom de COVID-19 Genomics UK Consortium . Cela a permis au Royaume-Uni de mobiliser l’expertise académique et scientifique accumulée depuis que les chercheurs britanniques ont identifié pour la première fois la structure chimique de l’ADN en 1953.

Le consortium soutient désormais les efforts visant à renforcer les efforts mondiaux de séquençage avec un programme de formation axé sur les chercheurs des pays en développement. Avec un financement du gouvernement britannique, le consortium et Wellcome Connecting Science prévoient d’offrir des cours en ligne sur l’échantillonnage, le partage de données et la collaboration avec les agences de santé publique pour aider les chercheurs à mettre en place des programmes d’échantillonnage nationaux.

« Il existe des inégalités dans l’accès au séquençage dans le monde entier et (le projet) s’engage à contribuer aux efforts qui comblent cet écart », a déclaré le groupe, annonçant son intention d’offrir les premiers cours au début de cette année.

En séquençant autant de cas positifs que possible, les chercheurs espèrent identifier les variantes préoccupantes le plus rapidement possible, puis suivre leur propagation pour fournir des alertes précoces aux responsables de la santé.

Le Royaume-Uni a fourni plus de séquences COVID-19 au centre d’échange mondial que tout autre pays que les États-Unis et a séquencé un plus grand pourcentage de ses cas que n’importe quel grand pays du monde.

Des chercheurs au Royaume-Uni ont soumis 1,68 million de séquences, couvrant 11,7% des cas signalés, selon les données compilées par GISAID, qui favorise le partage rapide d’informations sur COVID-19 et la grippe. Les États-Unis ont fourni 2,22 millions de séquences, soit 3,8 % de leurs cas signalés.

La plupart des pays font du séquençage, mais le volume et la vitesse varient considérablement. Alors que 205 juridictions ont partagé des séquences avec GSAID, plus de la moitié ont séquencé et partagé moins de 1% de leurs cas totaux.

Au cours des deux dernières années, des laboratoires du Royaume-Uni ont affiné le processus de collecte et d’analyse des échantillons de COVID-19 jusqu’à ce qu’il ressemble à des stratégies de fabrication juste à temps. Des protocoles spécifiques couvrent chaque étape – de l’écouvillonnage à la séquence au rapport – y compris des systèmes pour garantir que les fournitures sont au bon endroit au bon moment pour maintenir le flux de travail.

Cela a permis de réduire de 50 % le coût de l’analyse de chaque génome tout en réduisant le délai d’exécution de l’échantillon à la séquence de trois semaines à cinq jours, selon Wellcome Sanger.

Augmenter la capacité de séquençage, c’est comme construire un pipeline, selon le Dr Eric Topol, président de médecine innovante à Scripps Research à San Diego, en Californie. En plus d’acheter des machines de séquençage coûteuses, les pays ont besoin de fournitures de réactifs chimiques, de personnel qualifié pour effectuer le travail et interpréter les séquences, et de systèmes pour garantir que les données sont partagées rapidement et de manière transparente.

Mettre toutes ces pièces en place a été un défi pour les États-Unis, sans parler des pays en développement, a déclaré Topol.

Le séquençage génomique « en tant qu’outil de surveillance dans le monde entier est essentiel, car bon nombre de ces pays à revenu faible et intermédiaire n’ont pas les capacités de séquençage, en particulier avec un délai d’exécution raisonnable », a-t-il déclaré. « Donc, l’idée qu’il y ait un coup de main du Wellcome Center est formidable. Nous avons besoin de ça.

Au laboratoire de pointe de Wellcome Sanger, des échantillons arrivent constamment de tout le pays. Les assistants de laboratoire préparent soigneusement le matériel génétique et le chargent sur des plaques qui sont insérées dans les unités de séquençage qui déchiffrent le code ADN unique de chaque échantillon. Les scientifiques analysent ensuite les données et les comparent avec des génomes identifiés précédemment pour suivre les mutations et voir si de nouvelles tendances se dessinent.

Avec COVID-19 en mutation constante, la priorité est de rechercher de nouvelles variantes plus dangereuses, y compris celles qui peuvent être résistantes aux vaccins, a déclaré Harrison. Les informations sont essentielles pour aider les chercheurs à modifier les vaccins existants ou à en développer de nouveaux pour lutter contre le virus en constante évolution.

Harrison a félicité l’Afrique du Sud pour ses travaux sur la variante hautement transmissible de l’omicron et pour avoir rapidement partagé ses recherches avec les autorités internationales. Malheureusement, de nombreux pays ont alors restreint les voyages en Afrique du Sud, nuisant à son économie.

Harrison a déclaré que les pays en développement doivent être encouragés à publier des données sur les nouvelles variantes sans crainte de répercussions économiques, car punir des pays comme l’Afrique du Sud ne fera qu’entraver le partage des informations nécessaires pour lutter contre le COVID-19 et les futures pandémies.

« L’élément clé, évidemment, est cette surveillance de routine constante », a-t-il déclaré. “Et je pense que l’étape la plus importante maintenant est d’augmenter cela à l’échelle mondiale.”

Pour l’instant, c’est aussi beaucoup de travail, chaque jour, pour veiller. Mais une telle vigilance a ses avantages, a déclaré Tristram Bellerby, directeur du laboratoire.

« C’est bien de voir que notre travail a été précieux pour trouver ces nouvelles variantes », a-t-il déclaré. « J’espère qu’à un moment donné, cela pourra nous aider à sortir de cette situation dans laquelle nous nous trouvons. »

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